Parafia w Limanowej powstała około 1513 r. – założył ją we własnych dobrach Achacy Jordan, który też wybudował tu pierwszy drewniany kościół. Parafia początkowo administrowana była przez zakon “Marków”, a potem niezmiennie przez księży diecezji krakowskiej, a po utworzeniu w 1786 r. Diecezji Tarnowskiej opiekę nad parafią sprawują kapłani tej diecezji. Od roku 1892 Limanowa jest stolicą dekanatu.
Pierwszy kościół limanowski spalił się w wielkim pożarze miasta w 1769 r. Na jego miejscu powstał drugi z kolei kościół drewniany, poświęcony w 1779 r. Przetrwał on do roku 1909, kiedy to został rozebrany z myślą o budowie na jego miejscu obecnej świątyni. Powstała ona z inicjatywy ówczesnego proboszcza, ks. Kazimierza Łazarskiego, jako wotum upamiętniające 100-lecie Konstytucji 3-go Maja.
Na budowę świątyni został rozpisany konkurs otwarty, w którym I miejsce zdobył projekt Zdzisława Mączeńskiego z Warszawy, zmodyfikowany pod wpływem pozostałych prac. Budowa została zrealizowana w latach 1910 – 1918, kiedy kościół został poświęcony. Jego konsekracji dokonał 6 października 1921 r. biskup tarnowski Leon Wałęga.
Kościół w Limanowej wyróżnia się swą sylwetką wśród kościołów Małopolski. Jest reprezentatywnym przykładem nurtu rodzimego w sztuce, wyrosłego na tradycji, kulturze i patriotyzmie. Kamienna bryła kościoła z monumentalną wieżą jest jakby przetworzeniem piękna dawnych kościółków Małopolski. Kościół jest trzynawowy, wnętrze sprawia wrażenie bazyliki. Polskość i swojskość świątyni wyraża się w jej polichromii, witrażach, mozaikach, rzeźbach, ołtarzach. Na fasadzie świątyni widnieje wspaniała monumentalna rzeźba Ukrzyżowania, a poniżej tarcza herbowa z polskim orłem w koronie i datą 3 V 1791-1891 r. W roku 1991, w 200-setną rocznicę Konstytucji 3-go Maja, Ojciec Święty Jan Paweł II, podniósł kościół w Limanowej do godności bazyliki mniejszej.
Sanktuarium Matki Boskiej Bolesnej
W głównym ołtarzu bazyliki w Limanowej odbiera cześć od wiernych Beskidu Wyspowego i całej diecezji tarnowskiej, łaskami słynąca figura Matki Bożej Bolesnej. Jest to rzeźba typu “pieta”. Przedstawia Matkę Bożą siedząca na ławeczce i trzymającą na kolanach umęczone ciało Jezusa.
Rzeźba jest wykonana z jednolitego pnia lipowego. Jej wysokość wynosi około 90 cm. Z koroną wysokość dochodzi do 1 m.
Nieustalone jest do dziś miejsce i warsztat gdzie powstała figura limanowska. Prof. Józef Dutkiewcz dowodzi że pochodzi ona ze śląskiej szkoły rzeźbiarskiej i mogła powstać w latach 1300-1375. Kiedy i jak przybyła w okolice Limanowej trudno jest ustalić.
Stare przekazy dowodzą że przybyła ona z Węgier w związku z falą reformacji w tym kraju, gdy kalwinizm wyrzucał z tamtejszych kościołów obrazy i figury maryjne. Prawdopodobne jakiś pobożny wędrowiec zabrał figurę ze sobą i około roku 1545 umieścił ją na przydrożnej lipie we wsi Mordarka /1 km od Limanowej/. Właśnie w Mordarce rozpoczął się wielki kult figury Matki Bożej Bolesnej przebywającej początkowo na drzewie, a od 1668 r. w kaplicy /istniejącej do dziś/, którą konsekrował wizytujący to miejsce biskup krakowski Mikołaj Oborski.
Ks. Sebastian Liśkiewicz w 1745 r. postanawia przenieść figurę Matki Bożej do kościoła w Limanowej. Z tym faktem nie chce się pogodzić właściciel dworu w Mordarce, który nocą wykrada figurę z kościoła. Ostatecznie, dopiero w 1753 r. przeniesiono uroczyście figurę do świątyni limanowskiej. Tu kult Piety rozwijał się z roku na rok a Stolica Apostolska potwierdziła ten kult zezwoleniem na koronację papieską.
W dniu 11 września 1966 r. ówczesny metropolita krakowski, arcybiskup Karol Wojtyła w obecności wielu biskupów, kapłanów i ponad stu tysięcy wiernych ukoronował Panią Limanowską papieską koroną. Po kradzieży korony ponownej rekoronacji dokonał w Krakowie papież Jan Paweł II 22 czerwca 1983 r. wobec milionowej rzeszy wiernych.
Kult Matki Bożej Bolesnej w Limanowej jest niezwykle żywy w ostatnich latach. W sanktuarium gromadzi się wielu pielgrzymów z różnych stron kraju, a nawet z zagranicy.